エコチル調査が大切にしているテーマは、「子どもの健康と発達に、環境（化学物質や生活習慣など）と遺伝的要因（生まれつきの違い）がどう関わるのか」を、できるだけ正確に明らかにすることです。ここで難しいのが、同じ環境でも影響を受けやすい子と受けにくい子がいることです。たとえば、同じように花粉に触れていてもアレルギーが出やすい人と出にくい人がいます。こうした「個人差」の背景には、生活環境だけでなく、遺伝子の違いも関わります。